اولویتهای پژوهشی این مرکز در راستای بهبود، حفظ و ارتقاء سلامت مادر و نوزاد بدین شرح است:
- بررسی اعتیاد و عواقب آن بر روی مادر و نوزاد
- بررسی روند تکامل نوزادان
- بررسی اصول اخلاق پزشکی در نئوناتولوژی و پری ناتولوژی
- شناسایی اثر انواع آلودگیها (محیطی، غذایی،....) بر مادر، نوزاد و شیر خوار
- تحقیق در زمینه طب گیاهی، مکمل درمانی و رژیم غذایی بر سلامت مادر و نوزاد
- شناسایی عوارض HIV بر روی بارداری و شیردهی
- تحقیق در مورد زردی شیر مادر و روشهای پیشگیری از آن
- بررسی روشهای نوین تشخیص در طب نوزادی و پری ناتولوژی
- شناسایی الگوی مصرف دارو در نوزادان و مادران
- شناسایی برخی مشکلات شایع نوزادی و عوامل بیولوژیک
- ارزیابی اثرات مثبت محیط در درمان اختلالات نوزادان
- تحقیق در زمینه غربالگری و پیشگیری از اختلالات نوزادان